截至目前，南通有南通大学、南通理工学院、南通大学杏林学院、江苏工程职业技术学院、南通职业大学、南通科技职业学院、江苏航运职业技术学院、江苏商贸职业学院、南通师范高等专科学校等9所大学。
1、南通本科大学名单（3所）
2、南通专科学校名单（6所）
在南通的9所高校中，省属公办高校南通大学毫无疑问是南通高校的领头羊，而且是唯一的公办本科院校。
一、南通大学，是江苏省人民政府和交通运输部共建的综合性大学，首批江苏省高水平大学建设培育支持高校。2004年，原南通医学院、南通工学院、南通师范学院三校合并组建新的南通大学。所以，学校在医学、工学、以及师范教育方面，实力还是挺不错的。
作为一所综合性大学，学校现有4个校区，占地面积3700余亩，建筑面积近100万平方米。
学校设有20个学院，开设102个本科专业，现有教职工3300多人，有全日制在校本科生近40000人。
二、南通理工学院，民办本科院校。学校有南通和海安两个校区，占地面积1200余亩，建筑面积46万平米。现有全日制在校学生14915人，设有11个二级学院，设置本科专业36个
三、南通大学杏林学院，本科层次独立学院。
学院以启东校区为主体办学校园，规划总面积近1200亩。学院医学类专业目前在南通市崇川校区办学。
学院现有全日制在校本科生近12000人，设有48个专业，其中土木工程、行政管理、医学检验技术专业被评为江苏省一流本科专业。
南通大学的专业涵盖理工科、文史类的学科，有，建筑学、机械工程、电子信息工程、环境科学、宇航科学与工程、材料科学与工程、能源与动力工程、化学工程与技术、土木工程、水利水电工程、仪器科学与技术、计算机科学与技术、自动化、管理科学与工程、经济学、法学、社会学，以及数学、物理学、化学等基础学科。
南通大学还开设了若干特色专业，比如旅游管理、电子商务、物联网工程，以及纳米科技、生物技术、高压电力等，这些都是南通大学的特色专业。
拓展方面，南通大学还提供很多继续教育课程，以及多学科跨学科的专业课程，以满足社会对复合型人才的需求。
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