2本和3本的高校性质不同、获得财政资助不同、社会认可不同。现在很多省都已经将2本与3本合并了，2本和3本的毕业生在毕业证书、毕业待遇、考研究生、考公务员等方面都一样。
二本高校主要是省属本科院校和普通公办本科院校，综合实力通常低于在高考进行本科一批录取的院校；三本高校一般为独立学院和民办高校。
二本高校大都是公办高校，只要是公办高校就可以获得财政资助，因此学费相对便宜；但是三本院校都是独立学院和民办高校，都不能够获得财政资助，因此学费比较昂贵。
二本高校由于以公办高校居多，因此社会认可度高；三本高校由于以民办性质为主，因此社会认可度不高。
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