菏泽职业学院的学费为每学年4800/5000元。不同系别的收费标准不同，旅游管理系、经济系以及商贸物流系的学费为每学年4800元。信息工程系、机电工程系、建筑工程系、交通工程系以及食品科学与化学工程系的学费为每学年5000元。
国家奖学金是由中央政府拨出的，用来奖励优秀的学生所设立的奖学金，全日制普通本专科二年级以上(含二年级)学生中满足条件的优秀的学生可以获得此项奖学金，奖励标准为每人每年8000元。
山东省政府奖学金由省财政安排专项资金设立，全日制普通本专科二年级以上(含二年级)学生中满足条件的优秀的学生可以获得此项奖学金，奖励标准为每人每年6000元。
由中央和地方政府共同出资设立的，奖励资助品学兼优的家庭经济困难学生的奖学金，奖励标准为每人每年5000元。
山东省政府励志奖学金是指省政府用于奖励1万名普通高校在校生中品学兼优的家庭经济困难学生，奖励标准为每人每年5000元。
由中央政府出资设立的用来资助家庭经济困难学生的生活费用开支，帮助贫困生所设立的一项奖学金，平均资助标准为每人每年3000元。
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