黑龙江省共有22所二本大学参与了黑龙江二本大学排名，其中排名第一的是哈尔滨商业大学，排名第二的是哈尔滨理工大学，排名第三的是黑龙江大学
以下是黑龙江二本大学排名2016具体榜单，根据理科二本录取平均分排名，包含部分专业在二本招生的一本大学。
| 黑龙江二本大学排名 | 学校名称 | 录取线差 | 分数线 | 录取平均分 |
| 1 | 哈尔滨商业大学 | 96 | 371(第二批) | 467 |
| 2 | 哈尔滨理工大学 | 96 | 371(第二批) | 467 |
| 3 | 黑龙江大学 | 94 | 371(第二批) | 465 |
| 4 | 黑龙江中医药大学 | 90 | 371(第二批) | 461 |
| 5 | 哈尔滨师范大学 | 89 | 371(第二批) | 460 |
| 6 | 哈尔滨金融学院 | 88 | 371(第二批) | 459 |
| 7 | 哈尔滨医科大学 | 81 | 371(第二批) | 452 |
| 8 | 牡丹江医学院 | 78 | 371(第二批) | 449 |
| 9 | 齐齐哈尔医学院 | 72 | 371(第二批) | 443 |
| 10 | 黑龙江科技大学 | 71 | 371(第二批) | 442 |
| 11 | 黑龙江工程学院 | 70 | 371(第二批) | 441 |
| 12 | 黑龙江八一农垦大学 | 58 | 371(第二批) | 429 |
| 13 | 齐齐哈尔大学 | 56 | 371(第二批) | 427 |
| 14 | 哈尔滨学院 | 56 | 371(第二批) | 427 |
| 15 | 佳木斯大学 | 54 | 371(第二批) | 425 |
| 16 | 牡丹江师范学院 | 43 | 371(第二批) | 414 |
| 17 | 大庆师范学院 | 36 | 371(第二批) | 407 |
| 18 | 黑龙江工业学院 | 35 | 371(第二批) | 406 |
| 19 | 绥化学院 | 30 | 371(第二批) | 401 |
| 20 | 黑河学院 | 27 | 371(第二批) | 398 |
| 21 | 黑龙江东方学院 | 25 | 371(第二批) | 396 |
| 22 | 哈尔滨体育学院 | 23 | 371(第二批) | 394 |
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