哈尔滨工程大学是双一流大学，有1个双一流建设学科，名单为船舶与海洋工程。
黑龙江有4所大学入选第二轮双一流建设高校，其中就有哈尔滨工程大学，所以哈尔滨工程大学是双一流大学，不过只有1个双一流建设学科。
双一流建设高校共评选了2轮，首批建设高校140所，本次第二轮建设高校147所，其中山西大学、南京医科大学、湘潭大学、华南农业大学、广州医科大学、南方科技大学、上海科技大学为第二轮新入选的7所高校。
哈尔滨工程大学双一流建设学科名单
| 序号 | 双一流建设学科名单 |
| 1 | 船舶与海洋工程 |
| 序号 | 学校 | 双一流建设学科 |
| 1 | 哈尔滨工业大学 | 力学、机械工程、材料科学与工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、土木工程、航空宇航科学与技术、环境科学与工程 |
| 2 | 哈尔滨工程大学 | 船舶与海洋工程 |
| 3 | 东北农业大学 | 畜牧学 |
| 4 | 东北林业大学 | 林业工程、林学 |
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