1.会计电算化系统开发不完善
首先，会计电算化系统软件质量参差不齐，现在市面上有很多种会计电算化软件系统，但这些软件系统的质量良莠不齐，而很多企业为了节省成本，又多会选择一些价格便宜的软件，导致企业在应用过程中出现很多问题，进而影响企业推行会计电算化的积极性。其次，很多会计电算化系统软件功能相对单一，仅仅只能为财务部门提供账务管理工作，而不能为销售部门、成本控制部门等提供服务，而且，软件系统之间的互联互通性也较差，无法实现功能的充分融合。第三，软件系统的升级更新不及时，很多软件在销售之后，软件公司的更新服务不及时，软件功能落后，影响会计电算化系统的应用推广。
2.会计电算化系统应用落后
首先，从企业内部来讲，虽然一些企业已经开始推行会计电算化，但很多企业还是依托于传统的手工操作制度，将会计电算化仅仅作为代替手工操作的便捷手段，而没有充分挖掘会计电算化系统的其他功能，并不是真正意义上的会计电算化。其次，对企业外部来说，社会上还主要以纸质版的发票等为主，对于电子发票的应用较为局限，因而，外界环境也严重限制了会计电算化的发展。
3.会计电算化信息系统存在安全隐患
在会计电算化背景下，企业的财务信息储存在计算机上，通过互联网连接到外界，特别是很多中小企业没有自己专用的会计计算机或网络情境下，企业的会计数据面临着严重的安全隐患，会计数据一般都属于企业的核心机密，被入侵所带来的风险是致命的，同时，互联网也会给企业财务管理工作带来新的冲击。但现在很多企业尚没有充分关注到会计电算化系统的安全性，而且，会计电算化软件安全系统的构建需要持续的资金、技术支撑，也给企业带来了巨大的挑战。
4.缺乏统一的会计电算化软件系统标准
现在，很多企业的会计电算化软件系统是不统一的，应用的编程语言、算法等各不相同，不同企业之间会计计算结果无法实现互通互用，比如供应链企业之间的会计票据问题，如果不能实现互通互用，会导致企业不愿意选择会计电算化软件系统，而更愿意选择用传统的纸质票据处理两者之间的财务问题。
5.容易引起会计信息虚假问题
一方面，现在的电子票据真假辩证较为困难，电子签章制度现在不完善，对于电子票据的审核较为困难，不如使用纸质票据审核容易。另一方面，会计电算化系统对会计数据的处理自动化，但需要人工输入，在输入相关数据时，容易出现偏差，导致计算出的结果不准确，而且在计算过程中也不会像人工一样对数据进行进一步检查。
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