1、胃肠因素
一些消化系统疾病，如消化不良、胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡、结肠炎、便秘等疾病，由于久治不愈等原因，都有可能会诱发胃肠功能紊乱。
2、饮食原因
不良的饮食习惯，暴饮暴食，工作等原因不吃早餐，食无定时，过饱或是过度饥饿，促使胃肠道蠕动的紊乱，最终导致胃肠功能紊乱的发生。
3、心理因素
心理因素是诱发胃肠功能紊乱最主要的原因，经常是紧张、压力过大、情绪的变化直接的影响着人体器官的功能变化，其中表现最明显的就是肠胃，不良的情绪刺激大脑皮层，导致下丘脑功能的紊乱，通过植物神经系统也好影响胃肠道功能。
4、药物因素
如果长期食用对消化道黏膜产生刺激的`药物，也可能造成胃肠疾病及胃肠功能紊乱，从而导致肠胃不好”、肠胃不适”。
5、遗传因素
遗传导致胃肠疾病及胃肠功能紊乱的案例在临床中也有偶发
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