绩效考核方法广泛运用于企业等场所中，但是这种中间也暴露出了一些问题，影响了绩效考核方法的运用效果。首先体现在绩效考核方法在运用时没有按规范进行，而是采用简化的方法。由于受到计划经济体制的影响，现代企业转型过程中仍然存在着老制度的遗留问题，许多企业在发展过程中过分依靠人际关系，对于现代化的绩效考核方法重视程度不够，制定的绩效考核体系过于简单和形式化，很大程度上降低了绩效考核的作用。
同时，一些管理人员充当老好人，在考核过程中存在着明显的敷衍现象，资格较老的员工会在资历上欺压年轻人，这种情况既不利于绩效考核的推行，又打击了年轻人的积极性，严重的影响绩效的提高。不同企业的发展情况、规模水平、行业特点和企业性质等方面都有着很大的差异，这也决定了不同的企业应该采取不同的绩效考核标准，然而有一部分企业却过分追求现代化的考量，想要采用国际最先进的绩效考核方法，忽视了其企业自身发展的特性，导致绩效考核失效。
另外，许多企业搞形式主义，纯粹为了考核而考核，失去了绩效考核本身的意义和价值。在实施过程中，许多绩效指标形同虚设，刚开始时雷厉风行，最后沦为形式，丧失了绩效考核的激励作用。同时，还存在理论与实践相脱离的现象，没有适应现实工作中的灵活多变的特点，绩效考核运用时较为混乱，没有专门的部门或是人员来负责和组织实施，导致绩效考核不能很好的为企业服务。
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