气相色谱仪的定性分析是通过对比同等条件下组份的出峰时间（保留时间）来实现的，前提是假设组份被完全分离。但实际上在很多情况下，并无法确定那一个峰中到底是一个组份还是有几个组份没有完全分离。因此严格来讲，只能起到定量分析。很多应用中的双柱定性分析是利用不同的色谱柱分离不同的组份。气相色谱仪标准物质，和待测物质是分开进样的，在同样的条件下，先进已经含量的标准物质，输入含量进行校正，得出校正因子，然后进入待测样品，软件把在相同保留时间的峰认定为待测物质，根据峰面积或者峰高结合校正因子计算出含量。
双柱定性就是两个不同极性的单柱，在相同气流、柱温，同时进样（当然有时条件有限，做不到同时进样，但先后也不应该差太远），看出峰的保留时间的变化。如果是不同的物质，保留时间的变化应该是不同的。
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