大肠菌群并非细菌学分类命名，而是卫生细菌领域的用语，它指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌，这些细菌在生化及血清学方面并非完全一致，其定义为：需氧及兼性厌氧、在37℃能分解乳糖产酸产气的革兰氏阴性无芽胚杆菌。一般认为该菌群细菌可包括大肠埃希氏菌、柠檬酸杆菌、产气克雷伯氏菌和阴沟肠杆菌等。
大肠菌群主要包括肠杆菌科中埃希氏菌属、柠檬酸杆菌属、克雷伯氏菌属和肠杆菌属。这些属的细菌均来自于人和温血动物的肠道，需氧与兼性厌氧，不形成芽孢；在35～37℃条件下，48 小时内能发酵乳糖声酸产气，革兰氏阴性。大肠菌群中以埃希氏菌属为主，埃希氏菌属俗称为典型大肠杆菌。大肠菌群都是直接或间接地来自人和温血动物的粪便。
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