原工程兵工程学院始于一九五三年九月成立的哈尔滨军事工程学院工兵工程系。一九六一年哈军工工兵工程系迁至西安成立工程兵工程学院。一九六九年以西安工程兵工程学院为基础，汇集工程兵工程技术力量，在南京组建工程兵学校，一九七七年恢复“工程兵工程学院”校名。一九九五年列入全军十七所重点建设院校。
一九九九年工程兵工程学院与解放军通信工程学院、指挥与工程自动化学院、空军气象学院、总参六十三所合并组建了全军五所综合类大学之一：“中国人民解放军理工大学”，总部设在原工程兵工程学院所在地——南京。
组建后的解放军理工大学由以下院（系）组成：经管学院、船舶学院、航建学院、动力学院、自动化学院、水声学院、计算机学院、机电学院、通信学院、材化学院、理学院、外语系、人文学院、核学院、国防学院、体训部、软件学院、保密学院。
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