内蒙古自治区境内的铁路线路由铁道部下属的三个铁路局管辖 。
1、哈尔滨铁路局管辖部分：呼伦贝尔市全境。
铁路线路：干线2条：滨洲线（哈尔滨—满洲里）、牙林线（牙克石—满归）。
支线5条：博林线（博克图—塔尔气）、伊加线（伊图里河—加格达奇）、伊敏线（海拉尔东—伊敏）、朝乌线（朝中—莫尔道嘎）、卓江联络线（牙克石—汇流河）。
2、沈阳铁路局管辖部分：兴安盟全境、通辽市全境、赤峰市南部。
铁路线路：干线2条：平齐线（四平—齐齐哈尔）、京通线（北京北—通辽西）。
支线5条：大郑线（大虎山—郑家屯）、通让线（通辽东—让湖路）、通霍线（通辽北—霍林河）、通辽南线（通辽—通辽南）、叶赤线（叶柏寿—赤峰）。
3、呼和浩特铁路局管辖部分：内蒙古自治区中西部地区：呼和浩特市、包头市、乌海市、鄂尔多斯市、巴彦淖尔市、乌兰察布市、阿拉善盟、锡林郭勒盟、赤峰市北部。
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