通用条款是根据法律、行政法规规定及建设工程施工的需要订立，通用于建设工程施工的条款；专用条款是发包人与承包人根据法律、行政法规规定，结合具体工程实际，经协商达成一致意见的条款，是对通用条款的具体化、补充或修改。
合同履行中是否执行通用条款要根据专用条款的约定。如果专用条款没有对通用条款的某一条款作出修改，则执行通用条款，否则按修改后的专用条款执行。就是，你签订合同之后，如果觉得合同的第一条第二款的表达不够清晰，还需修改，你就可以与对方约定再订一条款专门解释第一条第二款，那么之前合同里的条款就是通用条款，后面那个起解释说明作用的那一条款就是专用条款。
专用条款约定优先，专用条款对通用条款未修改的部分，未修改的部分任然以通用条款未准。专用条款就是对通用条款的修改和补充，出现矛盾或者不一致的情况，效力是优先于通用条款的，如果新增的专用条款在招标文件里没有的，你们当然可以在签约阶段向业主提出异议
如果为了承揽这个项目而接受这部分新增专用条款，那么也没办法了，实际操作中确实有很多业主或者咨询公司这么做。
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