区别：含义不同，作用不同。
一、含义不同：
核酸内切酶：在核酸水解酶中，为可水解分子链内部磷酸二酯键生成寡核苷酸的酶，与核酸外切酶相对应。
核酸外切酶： 核酸外切酶是一类能从多核苷酸链的一端开始按序催化水解3、5-磷酸二酯键，降解核苷酸的酶。
二、作用不同：
核酸外切酶的作用：从核酸链的一端逐个水解下核苷酸。限制性核酸内切酶的作用：识别特定的核苷酸序列，并在DNA分子内部的一定位点切割DNA 。
核酸内切酶：大都不具碱基特异性，但也有诸如脾脏RNase、RNaseT1等或限制性内切酶那种能够识别并切断特定的碱基或碱基序列的酶。
