因为光的散射。
水分子对于可见光中各种波长不同的光线（指红、橙、黄、绿、青、蓝、紫）有散射作用。散射指光束在媒质中前进时，部分光线离原来方向而分散传播的现象。对于波长短的光（如绿、青、蓝光等），水的散射作用远比波长长的光（如红、橙光）强，因此波长较长的光更容易直射到水底，波长短的光则更容易重新返回水面进入眼睛。而且散射作用的强弱与光程的长短也有关。在水层很浅时，可见光中各种波长的光几乎都能透过，散射作用也不显著，因此，水是无色透明的。而当水较深时，由于散射作用显著，水就显出浅蓝绿色。水中溶有空气越多越偏绿色。水更深时会出现深蓝色甚至显黑色。海水较深时显蓝色，就是这个缘故。
以南海之眼为例，海底有个深坑，因为水特别深而呈现蓝黑色，跟周围较浅的海水形成鲜明对比。可以看出海水从无色到青绿色再到蓝色再到墨蓝的变化。深海恐惧症慎看。
