主要分为三个方面的区别：概念不同、位置不同、功能不同1、概念不同遗传信息：基因中脱氧核苷酸(或碱基)的排列顺序。
密码子：指mRNA上决定一个氨基酸的3个相邻碱基，决定氨基酸的排列顺序。
反密码子：与mRNA中的密码子互补的tRNA一端的3个碱基，起识别密码子的作用。
2、位置不同遗传信息是基因中脱氧核苷酸的排列顺序，密码子是mRNA上核苷酸的排列顺序，反密码子是位于tRNA，能与密码子互补的三个碱基。
3、功能不同遗传信息是DNA分子的脱氧核苷酸的排列顺序，可以将自己的信息复制给子代，密码子的作用是在蛋白质合成时确定在蛋白质肽链中的哪个位置是哪种氨基酸。
而反密码子的作用是在蛋白质合成中，把由密码子决定的那一种氨基酸运输到rRNA上，并由rRNA把该氨基酸连接到肽链上。
