水绵的增殖能力和生存能力都很强。在小龙虾养殖水体中，预防和控制水绵必须在水绵生长繁殖初期开始，一旦水绵大量生长再去防控，不仅效果甚微，而且方法十分有限。人工捞除不仅劳动强度大，难以清除，还会进一步刺激水绵增殖；药物集中灭杀，很容易造成小龙虾大量死亡。
1.降低水体透明度或适当增加水深，抑制水绵休眠孢子的萌发和藻体的生长水绵的休眠孢子大多沉积于水底淤泥表层，其萌发和藻体的初期生长都是在水底进行，只要控制好水体的透明度，不让光线透射到水底，沉积于水底的水绵休眠孢子就很难萌发，即使有少量孢子萌发了，也会因光照不足，藻体难以正常生长而逐渐死亡。阻隔水底获得足够光线的方法有很多，如：适当加大池水深度；定期施肥，培肥水质；必要时，施入适量的腐植酸盐，迅速降低水体透明度；对于养虾稻田畦面上的浅水水体，采用稻草灰或水葫芦、浮萍等部分覆盖的方法，效果也十分明显。
2.干池越冬，抑制水绵孢子的萌发和藻体的生长在冬季，成年小龙虾大多蛰伏于岸边封闭洞穴之中，只需湿润泥土，无须水体。因此，对于正常越冬的亲虾池(田)或残留有成虾的旧养殖池来说，采用干池越冬法，不仅能有效控制水绵孢子的萌发和藻体的生长，而且对小龙虾安全越冬十分有利。等到冬眠期结束时，及时加注新水，迫使小龙虾大量出洞，集中结束冬眠状态，这时，即使部分水绵开始萌发生长，也会因小龙虾的采食和活动干扰，很难形成较大规模的种群。对于新的养殖池来说，不宜加水过早，在种虾放养前1～2天加水，即使这时的环境温度非常适宜于水绵的萌芽生长，水绵也会因小龙虾的采食和活动干扰而难以大量增殖生长。
3.定期加换泥浆水，利用泥沙沉淀对休眠孢子的掩盖作用和对藻体的黏附干扰作用，抑制水绵孢子的萌发和藻体的生长在长江中下游地区，水绵藻丝团的大量形成一般在4月，但是，水绵孢子的萌发及藻体的生长在冬季就已经开始。定期向养殖水体加换含大量泥沙的浑水，通过泥沙的沉淀，将水绵休眠孢子覆盖在厚厚的淤泥下，即使在适宜的光照条件下水绵休眠孢子也很难萌发，黏附着一层溶泥的藻体也会因接受不到充足的阳光而难以正常生长。浑浊水体的获得方法也很简单，对于较浅的水源水体，开启叶轮式增氧机很快就能将水体搅浑；对于较深的水源水体，只要放养足量的鲤鱼，水体就能长期保持浑浊状态。
4. 及时清除养殖水体和水源水体中的藻丝团，防止水绵休眠孢子的大量产生降低水绵休眠孢子的数量是防控水绵大量增殖的有效办法。水绵进入老龄后或遇到环境不适时就会进行接合生殖，产生大量休眠孢子，因此，水绵休眠孢子一年四季都可以产生。水绵休眠孢子的传播主要是通过水流的方式，一些干涸池泥中的水绵休眠孢子也可被风吹起，随风进行传播。因此，养殖水体中的水绵和水源水体及引水沟渠中的水绵是养虾池中水绵休眠孢子的主要来源，及时清除掉这些水体中的水绵，就等于控制了藻种来源，没有了藻种来源，水绵就很难在养虾池中大量增殖、生长
