原因有以下五点
1、肥料施用量大。
很多菜农果农认为：大投入就会有大产出，因而在使用肥料的时候不管蔬菜能不能够全部利用，一味地加大肥料的用量，这样非但不能够提高产量，而且对蔬菜来说却是一个很大的威胁。鸡鸭粪的大量施用，非但不能解除土壤盐渍化，反而会起到反作用。而化肥和鸡鸭粪施入土壤之后，一部分矿质营养被作物吸收，一部分淋溶于土壤深层或水中，还有相当一部分残存在土壤表层，年复一年，大棚由于棚膜覆盖，难以利用而水淋溶和降解，盐分的积累越来越多，土壤盐渍化现象就必然会发生。特别是硝酸铵等施用量过大，使土壤耕作层含盐量增加。在施用人畜肥的大棚，由于棚内温度较高，人畜粪肥迅速挥发分解，硫化物、硝酸盐等有机盐和无机盐等残存造成土壤盐化。
2、施肥比例失调。
在实际生产中，菜农为提高蔬菜产量盲目大量施肥，且偏施氮、磷、钾肥，不重视中微量元素的施用。有机肥和化肥的比例失调，肥料投入大利用率却很低。在目前化肥用量已经较高的情况下，还大量施用未腐熟的鸡鸭粪等有机肥，却忽视秸秆、厩肥、有机肥、生物肥等的施用，鸡鸭粪未经发酵分解，很容易造成盐害。
3、环境特殊。
大棚几乎常年使用塑料薄膜覆盖，长期没有降水的冲洗，人为施用的大量化学肥料不能随雨水下渗到土壤深层，并且温室内温度高，土壤水分蒸发量大，肥料中的盐分容易随水分上升，上升到土壤耕层，当盐分积累到一定程度就会对作物产生盐害。
4、土壤湿度大大棚本身就是一个封闭或半封闭的小环境，加之温室内浇水追肥频繁，表层土壤湿度较大，严重地破坏了土壤团粒结构，大孔隙减少，土壤渗透能力降低并易形成板结，致使土壤表层盐分不能渗透到土壤深层。特别是地势低洼的大棚，土壤湿度过大，通透性能下降，造成土壤板结盐化。
长期施用化肥，其中的氮、磷、钾、元素等无机盐类，是导致棚田盐害发生的主要原因。
