孔雀鱼体形娇小，其身上的图案五彩缤纷，有的形如字母，称外文孔雀；有的像蛇纹，称蛇皮孔雀；有的似豹皮，称豹尾孔雀，等等。背鳍较长，尾鳍宽而长，约占全长的1/2以上，尾柄长度大于尾柄高度，背鳍软条 7-8，臀鳍软条8-10。
身体及背鳍、尾鳍的颜色五彩缤纷，主要有红色、蓝色、黑色、黄色、绿色、虎皮色及杂色等。尾鳍和体腹上有蓝红色圆斑，其周围有淡色花纹，似孔雀尾翎花色，故以此得名。
孔雀鱼体延长，雌雄鱼的体型和色彩差别较大，雄鱼身体瘦小，体长3-4厘米，雌鱼体长6厘米，其尾柄及尾鳍占全身的1/3以上，各鳍均较雄鱼的短。前部略呈楔状，后部侧扁。
雌鱼的腹部膨大圆突。头部中大，吻部短小。眼大，侧位；眼间区及吻背颇为平直。口小，斜裂，下位；口裂远不及眼前缘的下方。体被有大型的圆鳞；纵列鳞26-28；背前鳞11-13。
雄鱼背鳍鳍条常会延长，雌鱼则小而圆，背鳍软条数7-8；雄鱼的臀鳍第3、4、5鳍条特化而成一延长的交接器，交接器仅略长于腹鳍长，雌鱼则正常的扇形，起点在背鳍起点略前，鳍条数8-9；胸鳍鳍条数13-14；腹鳍腹位，鳍条数5。
雄鱼尾鳍外形变异很大，随品系而有不同。雌鱼则大多呈长圆形，体黄褐色，具有金色光泽，但体色的变异很大，常具有鲜丽的橘黄色或蓝青色斑纹。
成长后雌鱼的体色较单调而半透明，如同大肚鱼一般。较雄鱼体色逊色得多，多为单一银灰色，尾鳍上虽有一些花纹，均没有雄鱼的鲜艳。
