脊索动物门是动物界最高等的门。动物背侧有一条脊索，分为三个亚门，其中尾索动物亚门和头索动物亚门可以合称为“原索动物”。
它们共同特征包括:在生活史中的某个阶段具有脊索，中空的背神经管，咽鳃裂以及肛后尾。
少数学者提出将半索动物门也置于脊索动物门下，并命名为口索动物亚门。脊索动物门chordata可以分为三个亚门:尾索动物亚门,头索动物亚门和脊椎动物亚门。尾索动物幼虫期具有脊索和神经索，但在成体消失。头索动物终生保留脊索和神经索，但没有脊柱。在脊椎动物中,脊索的作用由骨质脊柱代替。通常说的脊椎动物学是指研究脊索动物的一个动物学分支，而非仅研究脊椎动物亚门。
现存的脊索动物之间的关系如下面的系统发生树所示。
它和传统的分类类群没有很好的吻合,所以对脊椎动物的分类还存在争论，尽管它们间的关系已经搞得很清楚了。
