元谋人的牙齿硕大、粗壮，唇面比较平坦，舌面的模式非常复杂。元谋人的门齿与北京人的门齿相比较，在门齿的大小、粗壮程度、构造的复杂性等方面有些相似之处。但二者也有较为明显的差异，如元谋人的牙齿的齿冠末端扩展、较宽，基部比较收缩、略呈三角形。而北京人的齿冠略作长方形。研究者由此确认元谋人应该为直立人种的一个新亚种。因而以发现这一化石产地的元谋县命名，定为直立人元谋新亚种(Homo
erectus
yuanmoensis)，简称元谋直立人，俗称元谋人。
经过对两颗门齿深入的研究发现，元谋人具有发达的铲形舌窝。铲形舌窝是现代蒙古人种的特点。这就是说，元谋人的这一特征，给我们提出了一个人种起源的研究课题。
后来，对元谋人牙齿形态的进一步研究，特别是经过与类人猿、巨猿、南方古猿、北京人、智人的比较研究，认为元谋人较接近于南方古猿和北京人。而元谋人牙齿与北京人牙齿相比，其差异是相当明显的，与南方古猿相比，差异的程度则更大。由于他们生存时代远比北京人为早，据已有的直立人资料所表明的复杂情况，拟将元谋人上中门齿作为我国南方迄今已发现的早期类型直立人的代表。形态上与北京人的不同之处，反映了他们可能具有从纤细类型南猿向直立人过渡的特点。
从元谋人牙齿形态说明元谋人具有的原始性、古老性，这是截止目前我国已发现的最早的人类化石材料。从元谋人化石出自云南地区看来也是不奇怪的，因为那个地区正处在早期人类活动范围之内。
