除了菌盖和菌环之外，菌措和菌管也是蘑菇的重要组成部分。蘑菇的子实层体指的就是长在蘑菇的菌盖下面可以产生子实层的部分。蘑菇的子实层体有不同的形状，有的像叶片状的薄膜整齐地排列着，有的则像一条一条细细的小圆管一样整齐地分布着。像叶片状的子实层体就是菌褶，而呈现管状的子实层体就是菌管。菌褶的中间是菌髓细胞，两边则是子实层。
菌褶的排列非常整齐，从菌柄中心向外延伸，一直长到菌盖的边缘，整体的排列就像伞的支架一样呈现放射状。有的蘑菇，菌褶彼此之间被窄小的横脉连接起来，而像鸡油菌这样的蘑菇，它的菌褶则纵横交织着形成一张网状。菌管的排列也相当整齐，菌管是管状的组织，有的菌管彼此之间很容易分开，有的则不能分开。
不同的蘑菇，其菌管也不尽相同，有的菌管很细很长，有的菌管则又粗又短。菌管也大多呈辐射状排列。生物学家往往根据菌褶、菌管与菌柄的着生关系来区分蘑菇的类属。不过，正如蘑菇的形状会随着子实体的生长而发生变化一样，菌褶、菌管和菌柄之间的位置关系也不是一成不变的。
