利用微生物发酵技术生产的生物酶，都可以通过工业化技术进行分离、提取、纯化，从而得到商品酶制剂。如果是胞外酶，一般是先对发酵液进行过滤，滤液中的酶可根据其等电点调整PH值使其沉淀。还有其他沉淀方法，如盐析法、有机溶剂沉淀法、单宁沉淀法等。离心后得到粗提的酶，再溶解后，可重复上述步骤，使酶的纯度进一步提高。如果需要精制酶，还可通过层析、电泳、萃取等方法，对酶进行进一步提纯。有时，还要根据需要，进行脱盐、脱色处理。
然后，就是浓缩、干燥等工序，就可得到固态的酶制剂了。由于酶属于蛋白质，对温度比较敏感，在浓缩、干燥时，必须采用低温浓缩和低温干燥。同时，在整个提取和精制过程中，要避免重金属离子混入。
如果要提取的是胞内酶，要先进入细胞破碎，使细胞中的酶释放出来，再进行提取。
