血液中长期存在的HIV主要反映了开始治疗时存在的病毒株，这些潜伏病毒在治疗数年后仍持续存在。这意味着治疗本身间接地导致了大多数潜在的HIV储存库的形成，病毒储库的种群在治疗前是不稳定的，但在治疗开始时就稳定了。HIV在数百万个CD4免疫细胞的DNA中编码自己，而这种潜在的病毒库不仅可以存活下来，而且如果停止抗逆转录病毒治疗，又会在血液中出现，活跃复制的病毒种群。
对此科学家也一直在跟进，以更详细地确定HIV储存库的形成方式以及该形成与抗逆转录病毒治疗之间的关系。他们假设治疗的开始通过减少活跃复制HIV的存在而使免疫系统平静。这使CD4细胞更有可能变成长寿命的“记忆细胞”。如果它们已经被HIV感染，则开始治疗时形成的记忆细胞将构成长期病毒库的绝大多数。
