吞噬细胞吞噬病原体后，病原体会被包裹在所谓的吞噬体（phagosome）中形成吞噬体内部。接下来，吞噬体与囊泡（vesicle）融合，形成一个被称为吞噬体内溶酶体（phagolysosome）的结构。
在吞噬体内溶酶体中，存在着一系列水解酶（例如酸性水解酶），这些酶能够分解病原体的组分，包括蛋白质、核酸、多糖和脂质等。通过水解酶的作用，病原体及其产物可以被分解成较小的分子。
分解后，病原体的产物和代谢产物会与吞噬细胞的内质网进行交互，从而将其进一步分解、再利用或排出细胞外。其中，一部分产物可能被转运到细胞质中，进一步参与细胞代谢过程。另一部分产物则可能通过胞吐（exocytosis）、留存在细胞内的存储体中，或通过细胞质外液（细胞外环境）排出细胞外。
总的来说，吞噬细胞通过分解病原体产物并参与细胞内的代谢，从而清除和处理病原体，并将产物排出或再利用。这是机体免疫系统中重要的防御机制之一。
