一、叶绿素不同
1、绿藻：色素中以叶绿素a和b最多，还有叶黄素和胡萝卜素，故呈绿色。
2、蓝藻：含叶绿素a，不含叶绿素b。
二、生长环境不同
1、绿藻：绿藻多见於淡水，常附著於沉水的岩石和木头，或漂浮在死水表面；也有生活於土壤或海水中的种类，浮游种类是水生动物的食物或氧的来源。
2、蓝藻：有些蓝藻可生活在60～85℃的温泉中；有些种类和菌、苔藓、蕨类和裸子植物共生；有些还可穿入钙质岩石或介壳中(如穿钙藻类)或土壤深层中（如土壤蓝藻）。
三、价值不同
1、绿藻：绿藻在植物进化的研究中也很重要；据认为单细胞的衣藻与陆地植物的祖先相似，贮藏的营养物质主要为淀粉和油类。
2、蓝藻：有不少蓝藻（如鱼腥藻）可以直接固定大气中的氮（原因：含有固氮酶，可直接进行生物固氮），以提高土壤肥力，使作物增产。还有的蓝藻为人们的食品，如著名的发菜和普通念珠藻（地木耳）、螺旋藻等。
