1、两者所处地理位置不同。
明孝陵位于南京市玄武区紫金山南麓独龙阜玩珠峰下，而明十三陵坐落于北京市昌平区天寿山麓。
2、两者埋葬的皇帝不同。
明孝陵是明太祖朱元璋与其皇后的合葬陵墓。因皇后马氏谥号“孝慈高皇后”，又因奉行孝治天下，故名“孝陵”。明十三陵自永乐七年（1409）五月始作长陵，到明朝最后一帝崇祯葬入思陵止，总共埋葬着朱棣等十三位皇帝。
3、两者的建筑结构不同。
明孝陵陵区内的主体建筑和石刻有方城、明楼、宝城、宝顶，包括下马坊、大金门、神功圣德碑、神道、石像路石刻等，都是明代建筑遗存，保持了陵墓原有建筑的真实性和空间布局的完整性。
明十三陵以长陵为首，其他十二陵依山势向两侧排列，各陵建筑布局基本一致。陵墓建筑包括神道和陵园两大部分。陵宫呈长方形，陵宫之后为圆形或椭圆形宝城，建筑物自石桥起，向后依次为陵门、碑亭、祾恩门、祾恩殿、明楼和宝顶。
