酶具有很高的特异性与一般催化剂不同，酶对所有催化反应的底物和反应类型具有选择性，这种现象称为特异性。根据酶对其底物结构选择的严格程度不同，一般可以将酶的特异性分为绝对特异性、相对特异性、立体异构特异性。
1.绝对特异性。一种酶只能催化一种底物发生一种化学反应。例如尿素酶只能催化尿素水解成为NH3和CO2，不能水解尿素的衍生物甲基尿素等。
2.相对特异性。（键专一性）一种酶可以催化一类底物或者一种化学键发生一种反应。例如己糖激酶既能催化葡萄糖磷酸化，也能催化甘露糖磷酸化。
3.立体异构特异性。（几何专一性）一种酶只能催化两种立体异构体中的一种发生化学反应。例如延胡索酸酶只能催化延胡索酸水化生成苹果酸，而对马来酸不起作用。
