国家对农村小水电站的政策
存在过度截流等现象。受资源开发理念、技术、政策等因素制约，部分早期开发建成的一些引水式水电站，存在跨流域引水、过度截流等现象，导致部分河段减水断流。但也有人指出，小水电自身不吃水，关键是水量分配的问题。
存在无法保障河道生态流量的情况。早期建成的部分小水电站一味追求经济效益，而忽视了生态效益，没有泄流设施、生态机组等，无法保障河道生态需水量。不过事实上，据从事小水电行业多年的专家说，“保障河道生态流量”是每座水电站的设计方案中都有的，“但过去，在多种因素之下，保障河道生态流量，往往被忽略掉了”。可见，绿色水电、生态流量并不是全新理念。
农村小水电站多为径流式电站，调节能力弱，发电具备明显的季节性，受当地降水和径流丰枯变化的影响较大，适应负荷能力较差。客观上造成丰水季节大泄泻洪，枯水季截流，严重危害下游安全。
小水电单站装机容量小，水电站位置分散，上网竞争能力较弱。小水电站融资渠道有限，往往通过民间集资等形式解决资金缺口，容易引发债务问题。
农村小水电站不同程度存在一定的危害性，一是设备安全存在隐患，大多是一些老旧设备，维修人员也不太专业；
二是管理人员专业知识匮乏，经验主义处理问题较多。
1、水电站将江河围起来提高水位来增加水的势能，通过水的势能差来发电，这样就会形成类似湖泊的水库，一旦上游有污水排放就会在这里蓄积，这样治理起来就非常难了。
2、修建水电站破坏了原有的自然环境，使得原来的洄游鱼类无法正常洄游，使原来的近岸植物被淹没，原来的旱生植物近岸生长，相应的，原有的动物生存环境也会遭到破坏。不得不进行迁移。同时还有可能引发山体滑坡等自然灾害。
3、蓄水区水位上升，会使周围山体处于一种浸泡的状态，会引发山体滑坡和泥石流，三峡大坝就是例子。
