两者的区别如下：
1、性质上区别
（1）雨水井：其侧面有孔与排水管道相连，底部有向下延伸的渗水管，可将雨水向地下补充并使多余的雨水经排水管道排走。
（2）污水井：是船舶污水临时安置的小型容器，也是船舶舱底水系统的组成部分。
2、作用上区别
（1）雨水井：其侧面有孔与排水管道相连，底部有向下延伸的渗水管，可将雨水向地下补充并使多余的雨水经排水管道排走，减缓地面沉降及防止暴雨时路面被淹泡，井中尚有篮筐，可拦截污物防止堵塞排水管道，并便于清理。
（2）污水井：舱底水系统是将舰船货舱和机炉舱等的舱底水或双层底内的积水和渗进水排出舷外的管路系统。污水井就起到临时收集机舱中产生的含油污水等舱底水的作用。
