生态环境部有以下部门：
一、办公厅。
二、中央生态环境保护督察办公室。
三、综合司。
四、法规与标准司。
五、行政体制与人事司。
六、科技与财务司。
七、自然生态保护司（生物多样性保护办公室、国家生物安全管理办公室）。
八、水生态环境司。
九、海洋生态环境司。
十、大气环境司（京津冀及周边地区大气环境管理局）。
十一、应对气候变化司。
十二、土壤生态环境司。
十三、固体废物与化学品司。
十四、核设施安全监管司。
十五、核电安全监管司。
十六、辐射源安全监管司。
十七、环境影响评价与排放管理司。
十八、生态环境监测司。
十九、生态环境执法局。
二十、国际合作司。
二十一、宣传教育司。
另外，还设有机关党委和离退休干部办公室。
