在上游干流和主要支流规划了若干水电站，形成梯级开发。现金沙江中游已经实现了梯级开发，而金沙江下游继向家坝、溪洛渡水电站建成并运行多年后，白鹤滩和乌东德电站即将完工，这两个电站建成后的发电量，又相当于一个三峡电站。
水电工程的水域生态影响诸多：河流的连通性受到阻隔，影响鱼类洄游；水文情势显著改变，流水性鱼类栖息生境消失；水温层化，下泄水温升、降滞后，鱼类繁殖时期延迟；河流的自然径流过程改变，影响鱼类繁殖；水库内水深增加，流速显著减缓，泥沙沉积，库水变清。原来河道内砾石河滩为泥沙覆盖，深水缺氧，饵料生物组成改变。流水性鱼类栖息生境消失，水库内已不具备它们基本的生存条件。水温层化，下泄水温升、降滞后，鱼类繁殖时期延迟。深水水库水库中部到坝前的深水区，水温通常会出现分层现象。新安江电厂下泄的水温，在春、夏和秋初比建坝前水温显著降低，月平均水温7月降低15.78℃；但在冬季，下泄水温反而比建坝前增高，1月高4.15℃。另外还会出现水体污染；水土流失；库区大量土地被淹没，移民问题。
