主要区别有，科目分类不同、形态特征不同、栖息环境不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、河鲈鱼
河鲈鱼，别称五道黑。属硬骨鱼纲、鲈形目、鲈科。
2、海鲈鱼
海鲈鱼，别称七星鲈、花鲈、青鲈。属硬骨鱼纲、鲈形目、鮨科。
二、形态特征不同
1、河鲈鱼
体侧扁，长椭圆形，尾柄较细。头小，吻钝，口端位。下颌比上颌稍长，上颌骨后端达眼的下方，上下颌及口盖骨上均有细齿。前鳃盖骨后缘有许多小锯齿，后鳃盖骨后缘有1根刺。两背鳍略分离，胸鳍侧位而较低，腹鳍胸位，尾鳍浅叉形，两叶末端圆。体为棕褐色，有7-9条黑色横斑，腹部白色，背鳍浅灰黄色，第1背鳍后部有1个大黑斑，胸鳍浅黄色，臀鳍、腹鳍及尾鳍为橘黄色。
2、海鲈鱼
体型较大，鱼体型粗而较长，被有小鳞，尾直锐或圆。背鳍为重要特征，包括前面的棘部与後面的软条部，两部分通常相连，有时则以V形刻痕隔开。分为白鲈和黑鲈：
白鲈背部呈青灰色，腹部较白，体侧有不规则黑色斑点，黑鲈颜色较黑，整体颜色深黑灰色，黑色斑点不明显。
三、栖息环境不同
1、河鲈鱼
河鲈生活于植物丛生的江河、湖泊中。通常有两个类群，一个种群生活于沿岸浅水区，以无脊椎动物为食，个体较小，生长也慢些，另一个种群栖居于深水区，以小型鱼类为食，个体大些，生长较快，三冬令可达成熟，最大个体可达500mm。
2、海鲈鱼
栖息于河口咸淡水，也能生活于淡水。
