克服不亲和的途径可从遗传和生理两个方面考虑。
(1)遗传上克服不亲和的方法有：
①选择亲和或不亲和性弱的品种进行种间杂交。
②增加染色体倍数。
③采用细胞融合法，导入亲和基因。
(2)生理上克服不亲和的方法有：
①避开雌蕊中的识别物质的产生时期，如蕾期授粉法和延期授粉法等。
②破坏识别物质或抑制识别反应，如高温处理、花粉蒙导法、辐射诱变、电助授粉、激素或抑制剂等试剂处理、重复授粉等以打破不亲和。
③去除识别反应的组织，如胚和胚珠培养、子房培养、切除花柱授粉法、试管授精法、细胞融合或DNA导入技术等。
