一是传粉方式，自花传粉针对是两性花，雄蕊的花粉传到同一朵花的柱头上。而异花传粉是同一朵花的花粉传到同一个植株的另一朵花的柱头上或者不同植株的花的柱头上。二是特点不同，自花传粉会存在自交不亲和。而异花传粉遗传性丰富。三是植株结构，自花传粉是同一朵花授粉或者邻花授粉。而异花传粉是不同的花朵或植株授粉。
一、传粉方式不同自花传粉针对的植物是两性花，不过并不是所有的两性花都能自花传粉。指的是雄蕊的花粉传到同一朵花的柱头上。常见的自花传粉的植物有大豆，豌豆，芝麻，小麦，大麦等。而异花传粉指的是同一朵花的花粉传到同一个植株的另一朵花的柱头上，或者不同植株的花的柱头上也行。
二、特点不同自花传粉是指有雄蕊和雌蕊的完全花，雄花和雌花通常都是同时成熟的，不会存在自交不亲和的现象。自花传粉的稳定后更高，能避免花粉受到伤害。而异花传粉产生的后代适应能力更强，遗传性更丰富，能增加变异性，增强活力。
三、植株结构不同自花授粉指的是两性花，有的是同一朵花有雄蕊和雌蕊，同一朵花授粉。也有的是在同一个花序上，不同花进行授粉，也就是邻花授粉。而异花授粉的植株雄蕊和雌蕊都不会在同一个花朵里，甚至有的不会在同一个植株上，植物的结构形态不同。
