初级溶酶体是在高尔基体的trans面以出芽的形式形成的，其形成过程如下：内质网上核糖体合成溶酶体蛋白→进入内质网腔进行N-连接的糖基化修饰，溶酶体酶蛋白先带上3个葡萄糖、9个甘露糖和2个N-乙酰葡萄糖胺。
后切除三分子葡萄糖和一分子甘露糖→进入高尔基体Cis面膜囊→N-乙酰葡糖胺磷酸转移酶识别溶酶体水解酶的信号斑→将N-乙酰葡糖胺磷酸转移在1~2个甘露糖残基上→在中间膜囊由N-乙酰葡萄糖苷酶切去N-乙酰葡糖胺形成M6P配体→与trans膜囊上的受体结合→选择性地包装成初级溶酶体。 溶酶体的形成是一个相当复杂的过程。一般认为，溶酶体里的酶是经粗面内质网上的核糖体合成后运输到高尔基体，在此经过加工、分拣与浓缩，被覆外膜，形成囊泡，然后离开高尔基复合体，此时只含水解酶而不含被催化的底物，称为初级溶酶体。
初级溶酶体与细胞内的胞内体、吞噬体和自噬体融合形成复合物，溶酶体中的酸性水解酶发挥作用，将胞内体和吞噬体等逐步消化，此时的溶酶体不仅含有水解酶。
而且含有大量被催化的底物，是一种正在进行消化作用的溶酶体，被称为次级溶酶体。
次级溶酶体内的消化作用完成后，酶的活力变得很弱甚至丧失，仅留有未消化的残渣，称为残余体。
