到2006年底，已建立各级自然保护区2349处，其面积约占国土面积的15%。其中30处国家级自然保护区已被联合国教科文组织的“人与生物圈计划”列为国际生物圈保护区，分别是：长白山自然保护区、卧龙自然保护区、鼎湖山自然保护区、梵净山自然保护区、武夷山自然保护区、锡林郭勒草原自然保护区、神农架自然保护区、博格达峰自然保护区、盐城自然保护区、西双版纳自然保护区、天目山自然保护区、茂兰自然保护区、九寨沟自然保护区、丰林自然保护区、南麂列岛自然保护区、山口自然保护区、白水江自然保护区、黄龙自然保护区、高黎贡山自然保护区、宝天曼自然保护区、赛罕乌拉自然保护区、达赉湖自然保护区、五大连池自然保护区、亚丁自然保护区、珠峰自然保护区、佛坪自然保护区、黑龙江兴凯湖自然保护区、广东车八岭自然保护区、广东封开黑石顶保护区、梅花山自然保护区、宁德兔耳岭自然保护区。
截止2010年底，林业系统管理的自然保护区已达2035处，总面积1.24亿公顷，占全国国土面积的12.89%，其中，国家级自然保护区247处，面积7597.42万公顷。年末实有自然保护小区4.88万个，总面积1588万公顷。
