主要区别在于验收的范围不同、验收的节点不同、验收的顺序不同。
1、验收的范围不同
主体结构的验收是主体结构屋顶完成后的验收工作，验收合格后就可以进行砖砌体、构造柱二装的施工；主体工程验收是对主体工程的内墙砖砌体施工、二次结构施工、地坪施工等的验收；验收合格后就可以对内墙抹灰、腻子进行施工。
2、验收的节点不同
主体工程各子项目必须完成主体验收。单项工程竣工验收，是指在总体建设工程中，按照设计图纸规定的工程内容，完成了能够满足生产要求或者使用条件的单项工程或者车间。主体工程验收完成后，方可进行主体结构验收。
3、验收的顺序不同
主体结构的验收是主体结构屋顶完成后的验收工作。主体工程验收是主体工程竣工验收后对内墙施工、二次结构施工、平整层施工等的验收。也就是说，先验收后刷内外墙。先进行主体结构验收合格后完成二次结构的施工，再进行主体工程的验收。
