国家秘密和商业秘密虽都属于秘密的范畴，但二者属于不同的层次，其主要区别是：国家秘密是一种公权，而商业秘密是一种私权。
主要体现在：一、国家秘密关系国家的安全和利益，体现和代表一般的或国家的意志;而商业秘密则仅关系权利人的经济利益和竞争优势，体现和代表个别的或权利人的意志。二、国家秘密涉及国家的政治、军事、外交、国民经济与社会发展、科学技术、国家安全、刑事司法等重大领域，而商业秘密只涉及与科研、生产、经营相关的技术信息和经营信息。
三、国家秘密的权利主体是国家并且只限于国家，而商业秘密的权利主体是权利人，这种权利人既可以是自然人，也可以是法人。
四、国家秘密的确定，必须由国家的权力部门和保密工作部门依照法定程序进行，而商业秘密的确定仅仅是权利人的个人行为。
五、国家秘密具有绝对的排他性和不可转让性。一个事项一旦被确定为国家秘密，只有国家才具有对其使用和处理的权利。而商业秘密的权利人有权向任何愿意得到该秘密的人进行转让。《中华人民共和国保守国家秘密法》第二条国家秘密是关系国家安全和利益，依照法定程序确定，在一定时间内只限一定范围的人员知悉的事项。
