根瘤菌一般是与豆科的植物是共同生存的，根瘤菌在生活的过程中会分泌一些有机的痰到土壤中，因此是会将土壤的肥力大大提高的，
根瘤菌会让大豆或者是花生正常，对于豆类的农作物来说，好处是非常多的，大家都知道土壤中如果含有有机痰的话，是会让植物生长的是非常旺盛的。 根瘤菌中的钼铁红蛋白催化氮气还原为氨气。
接着，氨气与根瘤菌内的酸性物质反应，生成铵盐。 然后，铵盐在根瘤菌内一系列氨基划酶的作用下变成有机胺，例如氨基酸然后，侵染植物根皮层的根瘤菌的一部分有机胺和无机铵释放，被植物利用。
虽然空气成分中约有80%的氮，但一般植物无法直接利用，花生、大豆、苜蓿等豆科植物，通过与根瘤菌的共生固氮作用，才可以把空气中的分子态氮转变为植物可以利用的氨态氮。
在种子发芽生根后，根瘤菌从根毛入侵根部，在一定条件下，形成具有固氮能力的根瘤，在固氮酶的作用下，根瘤中的类菌体将分子态氮转化为氨态氮，与此同时，每个根瘤就是一座微型氮肥厂，源源不断地把氮输送给植株利用。
豆科作物周围的土著根瘤菌数量很少，难以满足作物生长的需要。 世界上的豆科作物都需要人工接种根瘤菌剂，根瘤菌剂给农作物生产的氮肥不会有环境污染，不需长途运输，使用过程中没有氮流失，而人工施用化学氮肥流失率往往大于50%。
当豆科作物萌发并长出根毛后，根瘤菌受根毛分泌的凝集素的刺激和吸引，大量聚集在根际和根表上。 根毛与根瘤菌接触后，
细胞壁变软，发生根毛卷曲，
细胞壁内陷，根瘤菌随之侵入根毛，直至根的皮层，根瘤菌在皮层大量繁殖并转变为类菌体，此时根部皮层大量增生，形成瘤状组织，最后突出根部形成根瘤，当有效根瘤的剖面呈粉红色时，说明根瘤进入成熟阶段，开始固氮，并
