贝加尔湖总共发现了动物超过1200种，特有的物种达到了2/3，是俄罗斯出产稀有物种最多的地方，稀有物种有秋白鲑、环斑海豹、北欧环斑海豹、髭海豹、贝加尔海豹、凹目白鲑等。
贝加尔湖蕴藏着丰富的生物资源，是俄罗斯的主要渔场之一。湖中有2000多种特有的淡水湖动物，尽管海水不咸，但生活着大量的海豹、鲨鱼、龙虾、海绵、海螺等海洋动物 。湖中有约50种鱼类，分属7科，最多的是杜文鱼科的25种杜文鱼，重要的鱼类有：杜文鱼、大马哈鱼、茴鱼和白鱼 。有贝加尔湖特产湖鱼：胎生贝湖鱼。贝加尔湖海豹现在每年被捕量是5000多只。每年渔业产量150万吨。
各自鱼类的来源
贝加尔湖的海鱼来源，到目前为止，还没弄清楚是怎么来的，有说是从北冰洋迁移而来的，有说贝尔加湖本来就是海洋，由于地壳运动形成，湖内的鱼是海鱼遗留进化而来的，就是说具体来源还没完全确定。
