有以下的区别：原理不同：电子束蒸发是利用高能电子束轰击靶材，使材料表面产生很高的温度，由固态直接升华到气态，沉积到工件表面所形成的薄膜。磁控溅射是利用高能离子轰击靶材，使靶材表面原子飞逸出来的过程称溅射，那么采用磁场控制后，溅射出来的原子或二次电子以轮摆线的形式被束缚在靶材表面，使得辉光维持而进行溅射，主要运用在装饰方面。
膜的粘附性及结合的效果不同：电子束镀膜的粘附性较差，但是膜的均匀性好。溅射的镀膜溅射能量大，和基底的粘附性也好，但是膜会有颗粒也就是均匀性稍差。
膜厚严格控制不同：对于高反压功率管来说，它的工作电压高，电流大，没有一定厚度的金属膜会造成单位面积Al膜上电流密度过高，易烧毁。对于一般的半导体器件，Al层偏薄，则膜的连续性较差，呈岛状或网状结构，引起压焊引线困难，造成不易压焊或压焊不牢，从而影响成品率。Al层过厚，引起光刻时图形看不清，造成腐蚀困难而且易产生边缘腐蚀和"连条"现象。采用电子束蒸发，行星机构在沉积薄膜时均匀转动，各个基片在沉积Al膜时的几率均等；行星机构的聚焦点在坩埚蒸发源处，各个基片在一定真空度下沉积速率几乎相等。采用磁控溅射镀膜方法，由于沉积电流和靶电压可以控制，也即是溅射功率可以调节并控制，因此膜厚的可控性和重复性较好，并且可在非常大表面上获得厚度均匀的膜层。
应用领域不同：电子束蒸发主要运用在光学方面（如：眼镜片的增透膜、CCD镜头、光通讯方面等等），而磁控溅射主要运用在装饰方面（如：钟表、手机外壳等金属表面）。
总的来说，电子束蒸发与磁控溅射在原理、膜的粘附性、结合效果、膜厚控制、应用领域等方面都有不同，选择合适的镀膜技术要根据具体的应用需求来决定。
