两者最大的区别是淀粉酶对人体有害，而蛋白酶没有：
淀粉酶是水解淀粉和糖原的酶类总称，通常通过淀粉酶催化水解织物上的淀粉浆料，由于淀粉酶的高效性及专一性，酶退浆的退浆率高，退浆快，污染少，产品比酸法、碱法更柔软，且不损伤纤维。
蛋白酶是水解蛋白质肽链的一类酶的总称。按其降解多肽的方式分成内肽酶和端肽酶两类。前者可把大分子量的多肽链从中间切断，形成分子量较小的朊和胨；后者又可分为羧肽酶和氨肽酶，它们分别从多肽的游离羧基末端或游离氨基末端逐一将肽链水解生成氨基酸。
问淀粉酶和蛋白酶区别
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淀粉酶和蛋白酶区别
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淀粉酶是水解酶中的一种,包括α淀粉酶，β淀粉酶，γ-淀粉酶和异淀粉酶，都是催化糖苷键水解，将淀粉或糖原水解为麦芽糖、葡萄糖或糊精。淀粉酶主要由微生物发酵生产，菌种有酵母、细菌、放线菌。
蛋白酶也是水解酶的一种，是代谢过程必须参与的酶。蛋白酶是水解蛋白质肽键一类酶的总称，使蛋白质水解成多肽的酶，其主要存在于动物内脏、植物茎叶、果实和微生物中。微生物蛋白酶主要由霉菌、细菌、酵母、放线菌产生。
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蛋白酶是催化分解蛋白质的酶，是酶的一种，酶还包含很多种类，有唾液淀粉酶、纤维素酶等，大部分酶是蛋白质、小部分是RNA，所以蛋白酶能催化分解大部分的酶。
淀粉酶，使淀粉水解成麦芽糖（二糖）的酶 本质是蛋白质
蛋白酶，使蛋白质水解成多肽的酶 也是蛋白质
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