藻种对藻种的要求是适宜和最适生长温度与稚参 的培养水温一致，生长繁殖快，附着能力较强，个体大小适 于稚参摄食。常用的底栖硅藻有：舟形藻、卵形藻和圆筛藻 等。采集藻种的方法主要有以下几种：海区挂附着器：将附着器吊挂于海区的筏架上，吊挂水 层一般为0。
5米左右，附着器的种类有：聚乙烯薄膜、塑料 板、扇贝壳等。发现附着器上有一层黄褐色附着物后，取样 镜检，如果其上的底栖硅藻符合要求，则将附着的底栖硅藻 刷下，用筛絹过滤后，即可作藻种。
刮沙淘洗：在海滩中潮线附近，自然繁殖的底栖硅藻往 往在滩面上形成密集的藻落。选择黄褐色的藻落取样镜检， 若底栖硅藻符合要求，则刮取滩面表层的细沙浮泥，用过滤 海水淘洗，稍静置，待泥沙沉降后，取上层液用筛绢过滤， 可以得到底栖硅藻藻种。
刷洗养殖器材上的附着物：吊挂于海区筏架上的某些养 殖器材，如扇贝笼、网袋等，上面附着有底栖硅藻，洗刷液 经过沉降、过滤、去除杂质，也可以得到底栖硅藻藻种。
刷洗大型海藻：大型海藻如马尾藻的藻体上往往附着有 底栖硅藻。将其取回，用过滤海水反复冲刷，静置片刻，取 上层液用筛绢过滤，也可得到底栖硅藻藻种。
