等位基因（allele），又称对偶基因，是一些占据染色体的基因座的可以复制的脱氧核糖核酸。大部分时候是脱氧核糖核酸序列，有的时候也被用来形容非基因序列。
它可能出现在染色体某特定位置上的两个或多个基因中的一个。
非等位基因：就是位于同源染色体的不同位置上或非同源染色体上的基因，如：高茎基因D与红花基因C。
位于一对同源染色体的相同位置上，控制相对性状的一对基因。
如图，A与a,B与b,D与d均为等位基因。
A与B,b,D,d,均不是等位基因。
假如a换成A，A与A就是位于同源染色体上的相同基因。
