1.科属不同
鞭毛藻是藻类，水下磷火微生物，介乎动植物之间的生物，是金藻门、裸藻门、隐藻门、甲藻门和绿藻门团藻目中具鞭毛藻类的统称。
裸甲藻是多甲藻科多甲藻目裸甲藻属。
2. 形态特征不同
鞭毛藻的细胞壁较薄或不具细胞壁，有的(甲藻)虽有壁但不完整。多数种类都是鱼类、甲壳动物和贝类容易消化、利用的饵料。所以，利用敞池大量增殖鞭毛藻类十分有意义。鞭毛藻仅有二十分之一个毫米，肉眼难以看到。当它受到外界骚扰时就会象萤火虫一样释放出光亮，夜晚萤火清晰可见，这种光能释放是鞭毛藻的自卫防御功能。
裸甲藻细胞长形,背腹显著扁平。上锥部与下锥部等大或比下锥部略大而狭,铃形、钝圆形,下锥部略宽,底部末端平,常具浅的凹入。横沟环状,略左旋,深陷,纵沟宽,向上伸入上锥部,向下达下锥部末端。色素体多数,小盘状,蓝绿色。单细胞，球形、椭圆形或卵形，背腹扁平。细胞裸露或具薄胞壁，便面平滑、罕见线纹或纵肋纹。鞭毛两条，色素体数多，盘状、狭椭圆状、棒状，周生或辐射状排列，呈黄、褐、绿或蓝色。
3. 繁殖方式不同
鞭毛藻是利用轮虫、哲水蚤、卤虫等滤食小型浮游植物(多半为非鞭毛藻)，在水深大于1深水中利用水层进行光合作用，吸收水里有机肥，直接进行溶解成为养料，从而达到增殖。
裸甲藻通过细胞纵分裂进行繁殖，也可以通过产生动孢子、不动孢子或休眠孢子进行繁殖。
4. 分布范围不同
鞭毛藻主要生长在海水或淡水中。
裸甲藻分布在热带和温带海域。
