1、科属区别：马鲛鱼和金枪鱼所属的类别是不同的。虽然二者所属的纲和目是相同的，不过二者具体所属的科以及属都是不同的。其中，马鲛鱼是鲅科马鲛属中的鱼，而金枪鱼则是鲭科之中的鱼，所以并不是同一种鱼，科属类别并不同。
2、分布海域区别：马鲛鱼和金枪鱼虽然都属于海鱼，不过它们具体分布的海域是不同的。马鲛鱼主要的分布海域就是西北太平洋，或者说北太平洋的西部地区，在我国的沿海地区也有分布。而金枪鱼则在太平洋、大西洋以及印度洋之中都有分布，具体来看是在热带、亚热带以及温带地区，因为它们对周围的水温有比较高的要求。
3、体型区别：马鲛鱼和金枪鱼的体型也是不同的。马鲛鱼的体长范围一般是25-50厘米之间，体重则是300-1000克之间。但部分金枪鱼的体型是非常大的，比如黄鳍金枪鱼这个品种，它们的体长可以达到3米，体重可以达到225千克。
4、肉质区别：马鲛鱼和金枪鱼都是食材，不过二者的肉质是不同的。马鲛鱼的肉质比较柔软一些，但金枪鱼的肉质则会硬一些。
