毛动物门在动物界是一个孤立的类群，也就是说，比较解剖学研究及胚胎学研究均未能将它与任何其他类群建立联系。箭虫曾被视为蠕虫，人们也曾试图将它与许多动物类群，如异足动物门(Heteropoda)、环节动物门(Annelida)、线形动物门(Nematoda)和节肢动物门(Arthropoda)等建立联系。在分类学上也曾将毛颚动物门置於环节动物门与线形动物门之间。但箭虫眼的构造表明它在进化上可能与棘皮动物和脊索动物有关。
箭虫（Sagitta）体细而小，矢状，分头、躯干和尾三部。躯干中部和后部有侧绍1-2对；尾部末端有尾鳍。口位于头部腹面，两侧各有一瓣，其上有刚毛8-9对；刚毛能运动，借以摄食，代替领的功用。雌雄同体，一般为异体受精。海产。我国沿海所产己知有20种以上，常见的为肥胖箭虫。此类箭虫好聚集，有人曾在一立方米的海水中发现过一千多只箭虫。箭虫是以体腔囊法形成中胚层和体腔的
