不同的分类方法分为不同的界。
1.两界系统（卡尔·林耐） 传统的分类认为界是最高级的分类单位。在林奈时代，他以生物能否运动为标准，将生物划分为两界，即植物界和动物界。将细菌、真菌等都归入植物界。2.三界系统（赫克尔） 19世纪前后，由于显微镜的发明和使用，人们发现许多单细胞生物是有动、植物两种属性的中间类型的生物。如裸藻、甲藻等既可自养，有的也可异养生活。因而，赫克尔将原生生物（包括细菌、藻类、真菌和原生动物、黏菌等）另立为界，提出原生生物界、植物界、动物界的三界系统。
3.五界系统（魏泰克） 随着电子显微镜技术的发展，生物学家发现细菌、蓝藻细胞结构无核膜、无核仁及膜结构形成的细胞器，从而与其它真核细胞生物有显著区别，应该另立为界。于是，1959年，魏泰克根据细胞结构的复杂程度及营养方式的不同，将细菌和蓝藻、真菌从植物界中分出，分别另立为界，提出五界分类系统：原核生物界（包括细菌和蓝藻等）、原生生物界 (单细胞真核生物)、植物界、真菌界和动物界，真核生物为后四界。它们组成了一个纵横统一的系统，从纵向上看，它显示了生命历史的三大阶段：即原核单细胞阶段、真核单细胞阶段和真核多细胞阶段（具有三个分支）。在横向上看，它显示了生物演化的三大方向：营光合自养的植物，为自然界的生产者；分解和吸收有机物的真菌，为自然界的分解者；以摄食有机物的方式进行营养的动物，为自然界的消费者（同时又是分解者）。
4.六界系统、三原界系统（伍斯） 分子生物学的发展，特别是rRNA 和rDNA的序列分析为整个生物界系统发育的研究提供了大量的数据。分子系统发育学已经表明，传统的魏泰克五界系统并不完全代表生物的五个进化谱系。伍斯（Woese）和伍夫（Wolfe）提出原核生物在进化上有两个重要分支，应将原核生物分为二界：古细菌界（甲烷菌、极嗜盐菌和嗜热嗜酸菌）和真细菌界（包括古细菌以外的其他原核生物，蓝藻、真细菌等）。真核生物分四界（原生生物界、真菌界、动物界和植物界）。因此，提出六界分类系统。1990年，伍斯根据分子生物学的研究资料，对生物分类提出新的建议，认为整个生物界可以区分为三个独立起源的大类群，即形成三个原界：古细菌原界、真细菌原界和真核生物原界。
