一、科属分类不同
1、瓜子鲫：瓜子鲫是动物界、脊索动物门、脊椎动物亚门、辐鳍鱼纲、新鳍亚纲、鲤形目、鲤亚目、鲤科、野鲮亚科、鲮属淡水鱼类的统称，常见种类有土鲮、麦鲮、泰鲮、大眼鲮等。
2、大板鲫：大板鲫是动物界、脊索动物门、脊椎动物亚门、辐鳍鱼纲、新鳍亚纲、鲤形目、鲤亚目、鲤科、鲤亚科、鲤属淡水鱼类的统称，常见种类有元江鲤、黄河鲤、黑龙江野鲤等。
二、形态特征不同
1、瓜子鲫：瓜子鲫体呈梭形，腹部圆，无腹稜，背部在背鳍前方稍隆起，头短，吻圆钝，上下颌角质化，吻须粗壮，颌须短小，鳞中等大，背鳍无硬刺，尾鳍深分叉，体上部呈青灰色，腹部呈银白色，胸鳍后上方有鳞片形成的长菱形斑块。
2、大板鲫：大板鲫体侧扁，腹部圆，口呈马蹄形，须2对，鳞有十字纹理，死后鳞不反白，从头至尾有胁鳞一道，不论个体大小都有三十六鳞，每鳞上有小黑点，背鳍和臀鳍均有一根粗壮带锯齿的硬棘，体侧呈金黄色，尾鳍呈下叶橙红色。
